Отдел фондов детских и кукольных театров — самый молодой в музее. Он был создан 1 января 2008 г. на основе материалов бывшего Государственного музея детских театров, переданных в ГЦТМ им. А. А. Бахрушина по приказу Министерства культуры Российской Федерации № 1084 от 6 августа 2003 г. Весь фонд отдела насчитывает около 40 000 музейных предметов и состоит из пяти уникальных коллекций, связанных с историей зарождения и становления детских и кукольных театров в нашей стране. В коллекции декорационно-изобразительных материалов представлены работы первых советских художников детских театров: Л. Шапориной-Яковлевой, М. Артюховой, Н. Павловича, Н. Рыболовлева, Н. Шифрина, Р. Распопова, Г. Гольца и др; мастеров середины и II половины XX в.: Б. Кноблока, Э. Змойро, В. Иванова, В. Талалая, Ф. Нирода и др.; современных художников: В. Левенталя, М. Китаева, Э. Кочергина, Т. Сельвинской, С. Бархина, С. Бенедиктова. В составе фонда – коллекция афиш и программ кукольных театров и ТЮЗов. В неё входят материалы советских театров, начиная с 30-х гг. ХХ в. и зарубежных стран. Широко представлены российские и международные фестивали UNIMA и ASSITEG. В мемориально-вещевой коллекции самое значительное место занимает коллекция театральных кукол. Здесь широко представлены старейшие кукольные театры: театр художников Ефимовых (Москва) и театр кукол-марионеток под руководством Е. Деммени (Петербург). Коллекция фотографий имеет временные границы с 1920-х гг. – по настоящее время. Здесь представлены фотографии и фотоматериалы деятелей детского и кукольного театров. Документальный фонд состоит из личных архивов, архивных коллекций и собраний. Среди наиболее интересных: документы Н. И. Сац, В. А. Сперантовой, К. П. Кореневой, А. А. Брянцева, Б. В. Зона, И. С. Ефимова, В. Л. Талалая.