После Октябрьской революции, в ноябре 1917 года, Джунковского вместе с группой генералов арестовали в Ставке Верховного главнокомандующего и заключили в Алексеевский равелин Петропавловской крепости, не через некоторое время освободили. С 17 декабря 1917 года - в отставке «ввиду хронической болезни сердца» с мундиром и пенсией. В апреле 1918 года Джунковскому было выдано пенсионное удостоверение - Советское правительство ему, как офицеру лояльному к власти, даже определило пенсию в размере 3270 рублей в месяц.
В мае 1918 г. в Петроградской квартире его и сестру Джунковского Елизавету Фёдоровну навестил Юрий Алексеевич Бахрушин. В своём письме Владимир Фёдорович пишет о радости от этой встречи и от известия, что А.А. Бахрушину удалось сохранить музей и остаться при нём: "Было бы более чем обидно и досадно, если бы Ваш чудный дом, с таким музеем, попал бы в руки невежд, а быть может даже грабителей"...